胚胎培养是将胚胎放在一个尽量模拟母体子宫的环境中培养，所以仍然存在一些风险。

最大的风险就是没有可用的胚胎。而出现这种风险的原因有内在的原因与外在的原因。

1. 内在的原因，包括卵子或者是精子自身的问题，比如基因的突变，染色体结构或者是数目的异常等，如果是这种内在的原因，目前胚胎学家可以做的事情则非常有限。

2. 外在的因素，包括实验室的操作水平、培养方法、培养环境、质量控制与质量管理等，胚胎培养过程是有人参与的过程，有人参与的过程就有可能会有差错的发生。

第二个风险，就是胚胎培养过程中出现污染，胚胎在体外培养过程中对菌微生物没有防御能力，就要求整个培养过程中在无菌的条件下进行。不过目前有实验室操作能力的正规医院一般都配有最高级的层流操作系统，拥有一套严格的无菌操作流程，以保证胚胎操作的严格、无菌。

目前发现的极少数的污染，通常都来源于精液的标本收集不够规范而导致的污染，极少出现实验室污染。

第三个风险，就是胚胎体外培养环境的维持，实验室的各种仪器、设备，停电或者是仪器的突发故障也是一种潜在的风险。

一般实验室在设计时就安装有备用的电源，还有各处仪器高备备份，现在还有培养箱等重要设备的远程监控报备，这类风险发生概率是很低的。